Ini adalah tahun kedua dari Periode Kowa. Dunia telah bersatu di sekitar Federasi Serikat Bangsa yang direorganisasi, dan keadaan telah damai, tetapi sekarang, perdamaian itu tiba-tiba berakhir. Saat Suzaku pergi dan menjadi "Zero" dan pergi mengunjungi kamp pengungsi, mereka dikalahkan oleh Knightmare Frame yang misterius, dan mereka berdua dibawa pergi. Mengikuti perintah rahasia dari Schneizel, Kallen, Lloyd dan Sayoko menyusup ke Zilkistan, Negeri Prajurit, di mana mereka diserang oleh pengguna Geass yang misterius. Di Zilkhstan ada seseorang bernama C.C., yang dikenal oleh para penyerang sebagai "former master".

It is the second year of the Kowa Period. The world has unified around the reorganize United Federation of Nations, and has enjoyed days of continuing peace, but now, that peace suddenly comes to an end. Suzaku, while travelling as the masked man "Zero" accompanying Nunnally on her visit to the refugee camp, is defeated by a mysterious Knightmare Frame, and the two of them are taken away. Following secret orders from Schneizel, Kallen, Lloyd and Sayoko infiltrate Zilkistan, the Land of Warriors, where they are attacked by a mysterious Geass user. There in Zilkhstan is a person named C.C., known to the assailants as the "former master".