Ryo Saeba yang lebih dikenal sebagai City Hunter menjadi pengawal wanita muda bernama Ai Shindo, dimana wanita tersebut memiliki kunci rahasia untuk membangkitkan senjata pemusnah massal. Senjata tersebut bernama Mobius, sebuah senjata perang yang dapat dikendalikan melalui pikiran. Mobius akan diperjual-belikan kepada Bandar senjata internasional dan Shinjuku akan menjadi tempat percontohan untuk perang berlangsung. Apa yang akan terjadi dan dapatkah City Hunter menyelamatkan Ai Shindo dan Kota Shinjuku?